Desde a inauguração, o MuHNA trouxe significativo impacto social, atendendo milhares de pessoas. Até 2025, visitantes de 180 cidades das cinco regiões do Brasil, totalizando 23 estados; além de visitantes do exterior, já passaram pelo Museu. Incluindo o público das ações itinerantes, já foram alcançadas mais de 35 mil pessoas com ações de divulgação e popularização da ciência. 

O Museu recebe visitas educativas das escolas de Barra do Garças (MT), Pontal do Araguaia (MT) e Aragarças (GO) e de outras 50 escolas provenientes de 20 municípios da região alto e médio de Araguaia. Desta forma, o MuHNA exerce um papel importante como um espaço de educação não formal que trabalha sempre aliado com as escolas. Atualmente, a instituição é um laboratório para práticas educacionais relacionadas a temas vinculados ao Museu.

Moradores da região e turistas do Brasil e do mundo também visitam o museu, deixando registrado a origem no livro de visitantes. Além do Brasil, pessoas de diferentes continentes passaram pelo Museu conhecendo a história natural da biodiversidade, principalmente do Cerrado. 

Ao mesmo tempo, por meio de ações itinerantes, o MuHNA leva conhecimento à população sobre ciência, inclusão social e inclusão digital, desmistificando conceitos e combatendo o negacionismo da ciência para alcançar o público em geral.