O MuHNA destaca-se no estado de Mato Grosso por inovar em diferentes setores. Esse esforço é reconhecido e patrocinado por diferentes agentes públicos, especialmente instiuições de pesquisa e extensão. Desde a abertura, pesquisadores de várias áreas, liderados pela visão futurista de Márcia Pascotto, reuniram esforços para viabilizar coleções científicas e angariar recursos federais, estaduais e municipais. Em consonância com os valores de transparência, o Museu divulga periodicamente os recursos recebidos e as ações executadas.